Credito R&S e Manuale Frascati: stop a recuperi Fisco

Credito R&S: l'irretroattività del Manuale di Frascati e le strategie di difesa nel contenzioso

Negli ultimi anni, moltissime imprese del territorio che hanno fruito del credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo svolte nel periodo 2015–2019 (ex art. 3 del D.L. 145/2013) si sono viste recapitare avvisi di accertamento dall’Agenzia delle Entrate o provvedimenti di diniego alle certificazioni tecniche da parte del MIMIT. Nella maggior parte dei casi, la contestazione dell'Amministrazione finanziaria si fonda sul mancato rispetto dei rigidi requisiti previsti a livello internazionale dal cosiddetto Manuale di Frascati dell'OCSE, assumendo che i progetti aziendali non presentassero una "novità assoluta" a livello globale.

A ridefinire in modo chiaro il perimetro della materia è intervenuto il Consiglio di Stato con la fondamentale sentenza n. 5627 del 14 luglio 2026. I giudici hanno confermato il principio dell’irretroattività del Manuale di Frascati nella sua versione del 2015, stabilendo che la spettanza dell'agevolazione per gli anni 2015–2019 deve essere valutata esclusivamente alla luce del quadro normativo vigente all'epoca. Si tratta di una svolta di grande rilievo per le imprese, che consolida le linee difensive dinanzi alle Corti di Giustizia Tributaria e apre concrete possibilità di tutela anche nei confronti degli atti già emessi.

Perché il Fisco contestava i crediti 2015–2019: l'applicazione indebita dei cinque criteri

Alla base delle verifiche fiscali condotte negli ultimi anni vi è stata la pretesa, da parte dell'Amministrazione finanziaria e delle Linee Guida ministeriali, di vincolare l'ammissibilità dei progetti ai cinque requisiti cumulativi fissati dall'edizione 2015 del Manuale di Frascati: novità, creatività, incertezza, sistematicità e riproducibilità.

Tale impostazione ha determinato una distorsione sostanziale. La disciplina originaria del D.L. 145/2013 e del relativo decreto attuativo del 27 maggio 2015 non conteneva alcun richiamo espresso a tali parametri restrittivi, né pretendeva una scoperta scientifica rivoluzionaria per l'intero mercato globale. L'agevolazione dell'epoca mirava a sostenere lo sforzo dell'impresa nel migliorare processi e prodotti interni per accrescerne la competitività, accogliendo una nozione di novità relativa orientata ai criteri del Manuale di Oslo e della versione 2002 di Frascati. Pretendere a posteriori il rispetto di parametri tecnici successivi si pone in netto contrasto con i principi di legalità, certezza del diritto e divieto di retroattività sanciti dallo Statuto dei Diritti del Contribuente (art. 3 della L. 212/2000).

Cosa ha stabilito il Consiglio di Stato (sentenza n. 5627/2026)

Confermando l'orientamento già tracciato dal TAR del Lazio e dalla prevalente giurisprudenza tributaria di merito, il Consiglio di Stato ha chiarito che solo a partire dal periodo d'imposta 2020, con l'introduzione della nuova disciplina di cui alla Legge 160/2019, il legislatore ha formalmente vincolato l'accesso al credito ai cinque criteri del Manuale di Frascati 2015. 

Per tutti gli anni antecedenti al 2020, la qualificazione delle attività agevolabili deve invece restare ancorata al quadro di riferimento dell'epoca. Circolari interpretative, prassi amministrative o atti regolamentari successivi non possono alterare retroattivamente la portata di una norma primaria, né possono imporre standard probatori non contemplati dalla legge all'atto dello svolgimento delle attività.

Le tre linee di difesa per l'impresa in sede di contenzioso

Per le imprese che si trovano ad affrontare una contestazione o un giudizio tributario pendente sul credito R&S, la pronuncia del Consiglio di Stato offre argomenti difensivi solidi e articolati:

• Illegittimità sostanziale dell'accertamento: il disconoscimento del credito basato esclusivamente sulla carenza dei requisiti del Manuale di Frascati 2015 risulta viziato per violazione del principio di irretroattività e del legittimo affidamento del contribuente;

• Qualificazione come credito "non spettante" e decadenza dei termini: come chiarito anche dall'Atto di indirizzo MEF del 1° luglio 2025, le contestazioni relative a carenze tecniche di dettaglio non previste dalla norma primaria ricadono nella nozione di credito "non spettante" e non "inesistente", con conseguente applicazione del termine decadenziale ordinario di accertamento di cinque anni, oggi ampiamente decorso per le annualità 2015–2019;

• Vizi procedurali e garanzie difensive: trattandosi di crediti non spettanti, l'Ufficio è tenuto a garantire il contraddittorio preventivo tramite l'invio dello schema d'atto, a pena di nullità della pretesa, oltre a dover richiedere il preventivo parere tecnico vincolante al Ministero in presenza di valutazioni tecniche di particolare complessità.

Cosa cambia per le certificazioni tecniche del MIMIT respinte

La decisione dei giudici amministrativi produce effetti diretti anche sulla procedura di certificazione dei crediti d'imposta (art. 23 del D.L. 73/2022). I provvedimenti di diniego emessi dal Ministero per asserita mancanza dei criteri di Frascati 2015 sulle annualità passate risultano oggi direttamente censurabili in sede giurisdizionale, ovvero possono formare oggetto di motivate istanze di riesame in autotutela per richiedere la rimozione del diniego e il riconoscimento della validità dell'attestazione rilasciata dal certificatore.

Domande frequenti sul credito R&S e Manuale di Frascati

1. Il Manuale di Frascati 2015 si applica retroattivamente ai progetti 2015–2019?

No. Il Consiglio di Stato ha stabilito che i cinque criteri del Manuale di Frascati 2015 non hanno efficacia retroattiva e non possono essere utilizzati per giudicare le attività svolte sotto la vigenza dell'art. 3 del D.L. 145/2013.

2. Una contestazione sulla novità tecnica rende il credito inesistente o non spettante?

Il credito contestato per difetto di requisiti tecnici non espressamente indicati dalla legge dell'epoca è qualificato come credito "non spettante". Ciò comporta l'applicazione del termine di decadenza di cinque anni per i controlli dell'Agenzia delle Entrate e l'obbligo del contraddittorio preventivo.

3. Cosa può fare l'azienda che ha ricevuto un diniego alla certificazione dal MIMIT?

L'impresa può impugnare il provvedimento di diniego davanti al giudice amministrativo oppure presentare un'istanza di riesame in autotutela, evidenziando l'illegittimità dell'applicazione retroattiva delle Linee Guida basate sul Manuale di Frascati 2015.

4. Come posso difendermi se ho già un ricorso pendente davanti alla Corte di Giustizia Tributaria?

La sentenza n. 5627/2026 costituisce un precedente autorevole da richiamare mediante memorie illustrative per supportare l'infondatezza della pretesa fiscale sia nel merito della qualificazione tecnica, sia per intervenuta decadenza dei termini di notifica dell'atto.

Gestione del credito R&S e difesa tributaria: il supporto di Studio Rigato

La gestione delle contestazioni fiscali in materia di ricerca e sviluppo richiede una difesa altamente qualificata, capace di coniugare l'analisi tecnica dei progetti con una rigorosa applicazione del diritto tributario e amministrativo. Resistere a un avviso di recupero o sbloccare una certificazione ministeriale presuppone una verifica approfondita del quadro normativo temporale e della documentazione aziendale disponibile.

Studio Rigato assiste imprese e gruppi societari nella disamina delle contestazioni sul credito R&S, nella gestione delle fasi di precontenzioso e nella difesa tecnica dinanzi alle Corti di Giustizia Tributaria, offrendo supporto anche nelle istanze in autotutela e nei rapporti con il MIMIT. Contattaci per un primo confronto: i nostri professionisti valuteranno la tua posizione per individuare i margini di difesa più efficaci e tutelare l'investimento della tua impresa.